银杏树最忌深载，苗木栽植的深浅直接影响今后生长，银杏树对土壤的通透性及肥力的大小反应灵敏，因此它的根系多呈水平分布于地层表面，即便于呼吸，又便于对养分和水分的吸收，新梗发育较快，苗木生长旺盛。
苗木一旦深栽，由于通透性较差，低温对银杏苗木发育缓慢甚至停止，即使侥幸生长，叶片如铜钱大小，2-3年内不能正常生长，如果地块涝洼.击水。则会很快导致苗木死亡。适宜深度为于原深度相同。